Een hortus botanicus is een tuin waar planten gekweekt en bewaard worden ten behoeve van de wetenschap. De Amsterdamse hortus is sinds 1682 op deze plek gevestigd. Er waren al snel banden met de gemeentelijke universiteit en haar voorloper. Rond 1900, toen Hugo de Vries er directeur en hoogleraar was, werd de hortus uitgebreid met diverse nieuwe gebouwen.
Sinds 1990 is de instelling niet meer verbonden aan de universiteit.