Alleen de 55 meter hoge toren resteert van de Muiderkerk. Op 31 oktober 1989 legde een brand, ontstaan tijdens werkzaamheden aan het dak, het schip van de kerk grotendeels in de as.
De kerk en de bijbehorende kosterij werden ontworpen door G.W. Vixseboxse. Ten tijde van de bouw was het de twaalfde kerk van de Amsterdamse hervormde gemeente.
De krant Het Nieuws van den Dag schreef een week voor de ingebruikname van de kerk onder meer:
Reeds in de verte maakt het kerkgebouw met zijn spitsen, slanken toren, die hoog boven de omringende huizen en 't geboomte uitsteekt, een sierlijken indruk en bij een nadere beschouwing vermindert deze indruk geenzins. Integendeel, ieder zal moeten erkennen dat de nieuwe Muiderkerk, die op een geheel vrij terrein, tusschen de le en 2e Van Swindenstraat, is gebouwd, op dat terrein al bijzonder goed voldoet en bepaald een aanwinst voor de Linnaeusstraat is te noemen.
De indruk, dien men krijgt is, die van sierlijkheid, maar ook die van eenvoud en soberheid. Geen overlading van versierselen; slechts de hoofdingang in het midden van den voorgevel is versierd met eenige renaissance-motieven en met een gevelsteen, waarin de woorden : „Justus ut leo confidit” zijn uitgehouwen.
Boven dezen hoofdingang verheft de toren, die dus het midden van den voorgevel vormt, zijn slanke spits tot een hoogte van 55 Meter.
Treedt men door de breede hoofddeur de kerk binnen, die den vorm heeft van een Grieksch kruis, met korte, gelijke armen, dan heeft men onmiddellijk boven zich de orgelgalerij, waar een pijporgel zal worden geplaatst.
De Latijnse spreuk is ontleend aan Spreuken 28 en betekent zoveel als "De rechtvaardige is moedig als een leeuw".
Om de hoek in de Tweede Van Swindenstraat werd in 1928 op nummer 1 begonnen met de bouw van een wijklokaal met bovenwoningen. Het kreeg de naam Sion en werd ontworpen door Cornelis Kruyswijk.
Een van de dominees die in de kerk gepreekt hebben was J.J. Buskes (1899-1980), die vanwege zijn evangelisatiewerk onder arbeiders bekend stond als de 'rooie dominee'. Hij begon hier in de oorlogsjaren; later hield hij zijn populaire "diensten voor buitenkerkelijken" in de aula van het Tropeninstituut.
Nadat de gereformeerde Funenkerk in de Zeeburgerstraat in 1974 was afgebroken, vond de gemeente van die kerk hier onderdak. De twee gemeenten werkten samen onder de naam Muider-Funenkerk.
Na de brand van 1989 bleef de ruïne van het kerkgebouw nog enkele jaren staan. In 1991 werd een plan aanvaard voor nieuwbouw met behoud van de toren, gemaakt door het naar ruimte zoekende Tropeninstituut en de kerkgemeente. De sloop begon in 1993. Ook het wijkgebouw Sion en de kosterij, Eerste Van Swindenstraat 2, die de brand hadden overleefd, werden afgebroken. Het door het stadsdeel Oost goedgekeurde bouwplan werd in november 1993 door de Raad van State vernietigd: te hoog. Op basis van een positief oordeel van de welstandscommissie van Den Bosch (!) keurde een rechter het nieuwe plan in september 1994 goed, en dat werd na bezwaren in augustus 1995 bekrachtigd, waarop de bouw van het forse kantoor- en cursusgebouw met kerkzaal kon beginnen. Architect was het Amersfoortse bureau Van Hoogevest. In juli 1996 oordeelde de Raad van State dat een rechter niet bevoegd is tot het geven van bouwvergunningen, maar de bouw werd voortgezet. Later dat jaar was het pand gereed.
In 2016 kwamen er 89 kleine woningen in het pand, ‘hub studio's’.
De toren is ingericht als kantoorruimte over acht verdiepingen en is sinds 2012 in handen van Stadsherstel.
Muiderkerktoren. Linnaeusstraat 35G
Er zijn 12 afbeeldingen in de beeldbank van het Stadsarchief die gerelateerd zijn aan dit adres.