Het Gemeentelijk Handelsentrepot aan de Zeeburgerkade en Cruquiusweg verving vanaf 1899 het oude Rijksentrepot aan het Entrepotdok, dat voor grote schepen en treinen niet goed bereikbaar was. Het nieuwe entrepot bestond in de kern uit eerst twee en later drie grote pakhuizen, aangevuld met diverse loodsen.
Handelaars konden in het entrepot goederen opslaan waarvan nog niet bekend was of ze in Nederland geïmporteerd zouden worden. Als ze naar een ander land verkocht werden, hoefde de handelaar geen Nederlandse invoerrechten te betalen. Ook kon de handelaar wachten tot de marktprijs in Nederland gunstiger was geworden.
Het entrepot besloeg oorsponkelijk het hele terrein ten noorden van het Veemarkt/Abattoirterrein. Voor de schepen werd een nieuwe insteekhaven gegraven in de Rietlanden, de Entrepothaven.
Behalve de pakhuizen waren er enkele kantoren, een douanepost (foto), een koffiehuis en wachtlokaal, en een pompstation voor de hydraulische installatie die de kranen aandreef.
Het douanegebied rond de pakhuizen was afgeschermd met een houten schutting. Later werd die vervangen door een betonnen scheidingswand.
In 1963 werd nog een cacaopakhuis gebouwd, Willem I; daarin is sinds 1989 het wetenschappelijke instituut IISG gevestigd.
Met de komst van de interne Europese markt en het verplaatsen van de haven naar het westen verloor het entrepot aan betekenis. De pakhuizen Zondag t/m Zaterdag werden in de jaren 1990 verbouwd tot woningen. De rails waarover de havenkranen reden, bleven daarbij grotendeels behouden. Verder resteren twee gebouwtjes aan de Cruquiusweg en een voormalig kantoorgebouw aan het Entrepothof (nu kinderdagverblijf). De oude loodsen ten oosten van de pakhuizen werden in 2009 gesloopt.