In de eerste decennia van de 19e eeuw waren er binnen de oude gereformeerde Kerk stromingen die met succes verlichting nastreefden. Ook werd de Kerk door koning Willem I feitelijk onder bestuur van de regering gesteld, via een ministerie van Hervormde Eredienst. De Nederduits Gereformeerde Kerk werd de Nederlandse Hervormde Kerk. Uit protest tegen de koerswijziging en de inmenging ontstond in 1834 de Afscheiding.
Amsterdam speelde een bescheiden rol in de Afscheiding. Als eerste kerk van de Christelijk Afgescheiden Gemeente werd vanaf 1836 een gebouw gebruikt aan de Bloemgracht (in 1880 vervangen door de Bloemgrachtkerk). De tweede (1857), die men Nieuwe Kerk noemde, stond op Keizersgracht 489 en is inmiddels gesloopt. In 1872 kwam er nog een derde, de Plantagekerk aan het begin van de Plantage Doklaan (gesloten 1927, deels afgebroken). De Christelijk Afgescheidenen noemden zich vanaf 1869 de Christelijke Gereformeerde Kerk.
Een andere afsplitsing van de Nederlandse Hervormde Kerk was de door Abraham Kuyper (1837–1920) geleide Doleantie van 1886. De naam kwam van het Latijnse woord voor klagen: ook deze richting ontstond door onvrede. Ook de Dolerende Kerk had kerken nodig. In enkele jaren tijd werden er in Amsterdam zes gebouwd. Tot de eerste behoorden de Keizersgrachtkerk (1888), de Schinkelkerk (1890) en de Buiten-Amstelkerk (1892). De Dolerenden noemden hun kerken vaak naar de plek waar ze stonden.
Kuyper wees de gotiek af als bouwstijl voor kerken. Liever zag hij een zo zuiver mogelijke neorenaissance.
In 1892 kwam het tot een vereniging van de Afgescheidenen en de Dolerenden. Ze gingen samen verder onder de naam Gereformeerde Kerken in Nederland.
Drie van de zes gereformeerde kerken uit de begintijd zijn alweer gesloopt: de Funenkerk (Zeeburgerstraat, 1889-1975, architect Tjeerd Kuipers), de Raamkerk (Hugo de Grootkade, 1889-1964, E.G. Wentink) en de Boomslootkerk (Recht Boomssloot, 1890-1935, G.W. & J.W. Meijer).