Formeel mochten katholieken vanaf 1795 weer openlijk kerken bouwen. In de praktijk duurde het tot de grondwet van 1848 voordat de kerkenbouw echt op gang kwam.
De eerste nieuwe katholieke kerken werd nog in de achttiende eeuw gebouwd: De Duif aan de Prinsengracht (1796, later geheel vernieuwd). In 1820 volgde de Catharinakerk aan het Singel, en later De Zaaier aan de Keizersgracht (1837), de Mozes en Aäronkerk aan het Waterlooplein (1841), De Papegaai in de Kalverstraat (1848, eveneens vernoemd naar een oude schuilkerk) en de Redemptoristenkerk op de Keizersgracht (1854).
Later in de negentiende eeuw zou de neogotiek de dominante bouwstijl worden bij de katholieken, vooral uitgedragen door Pierre Cuypers (Posthoornkerk 1863, Willibrorduskerk (1873), Vondelkerk 1880, De Liefde (1885, gesloopt), Dominicuskerk 1886), en de Maria Magdalenakerk (1891, gesloopt).
De binnenstad telde lang negen parochies. Ontvolking en ontkerkelijking van het centrum dwongen het bisdom Haarlem eind jaren 1960 tot een reorganisatie daarvan. Zes kerken gingen op in de nieuwe parochie Citykerk: de Nicolaaskerk, de Dominicuskerk, de Mozes en Aäron, de Papegaai, de Begijnhofkapel, de Redemptoristenkerk en de Krijtberg. De andere binnenstadskerken werden afgestoten. Sommige konden zelfstandig verder bestaan, de Annakerk op Wittenburg werd gesloopt.